La basílica románica-gótica que acoge hoy los visitantes en la cima del monte, fue realiza y modificada a lo largo de varios siglos. Se aprecian tres géneros arquitectónicos: uno románico en la parte del ábside, orientada exactamente hacia el punto en que sale el sol el día de la fiesta de San Miguel (29 de septiembre), en la primera arcada y relativas ventanas y columnas; uno románico de transición en las sucesivas dos arcadas con pilares fasciculados y arcos apuntados, y uno gótico de la escuela de Piacenza en la decoración de la gran ventana del ábside central y en las dos ventanas de las naves menores.
El inicio de las obras de construcción de la iglesia es difícil de datar, aunque se supone que empezaron por encargo del abad Stefano (1148 y 1170).
En su proyecto original, la iglesia debía llevar en su parte superior bóvedas de crucería análogas a las actuales. Estas bóvedas se derrumbaron y en el siglo XVII fueron sustituidas en la nave central por una pesada bóveda de cañón que ejercía un considerable empuje en los muros laterales, amenazando la estabilidad de los mismos y creando peligro de vuelco. Para afrontar esta amenaza, durante las reestructuraciones de finales del siglo XIX, se demolió la bóveda de cañón y se sustituyó con una triple bóveda de crucería terminada en 1937.
En el interior de la iglesia hay imponentes columnas, numerosas columnitas, pilastras, … todo coronado con sugestivos y simbólicos capiteles: se cuentan 139.
Es de particular interés el primer pilar a la izquierda de la nave central, bajo el cual sobresale 15 centímtros la cima del monte Pirchiriano, “cúlmen vertiginosamente santo”, como lo definió el poeta-rosminiano Clemente Rebora.
Los tres ábsides se distinguen por el color rojo de los ladrillos que los revisten y a los lados del central se abren dos espaciosos nichos con propia ventana románica y sobre estas, se encuentra profundamente excavada en el muro, una cruz griega.
En el dintel abocinado de la ventanal absidal, se encuentran las figuras de los profetas mayores (Isaías, Jeremíaís, Ezequiel, Daniel), mientras que la base está ocupada por la escena de la anunciación del Arcángel Gabriel a María: merecen particular atención la actitud y el rostro de la Anunciada, cargado de intensa espiritualidad y mística dulzura. A los lados del ventanal hay cuatro semicolumnas coronadas con las figuras de los cuatro evangelistas con sus símbolos (desde la derecha Mateo, Marcos, Lucas y Juan). Merece la pena pararse, en absorta contemplación, para sentir el intenso mensaje religioso.
Al fondo de la nave central de la iglesia se abre un área de planta irregular denominada “Coro viejo”. Es lo que resta de la iglesia de Ugone, lugar en el que abundan las obras pictóricas de finales del 400 e inicios del 500.
En el día de hoy acoge diez de los dieciséis sarcófagos de piedra que contienen los cuerpos de los príncipes de casa Savoia trasladados desde la catedral de Turín el 25 de octubre del año 1836, cuando el rey Carlo Alberto los entregó en custodia, junto con la entera abadía, a los religiosos rosminianos. nastère entier, aux religieux Rosminiens.
EL PRIMITIVO SANTUARIO DE SAN MIGUEL
Está compuesto por tres altares absidiales, a los que se accede desde la nave central, cerca del pilar de la derecha, bajando 12 antiquísimos escalones muy desgastados, que hacen pensar en los miles de peregrinos que han bajado por ellos desde la lejana Edad Media.
Hay muchas hipótesis acerca del origen del primitivo santuario, se tejen y restan tales, mientras que faltan las fuentes o no son seguras. Pero los estudiosos concuerdan en individuar ésta como la primera Sacra y el momento histórico origen de su culto a Miguel. La capilla más grande y con una parte del fondo en la roca viva es una ampliación de las otras dos, y ahora está dedicada a San Giovanni Vincenzo. Nos encontramos en el lugar más sagrado de la Sacra.
TRÍPTICO DE DEFENDENTE FERRARI (alrededor de 1520)
Es la obra maestra más valiosa que la abadía posse y la mejor conservada.
Tomado del altar mayor, el tríptico fue restarurado y situado en el coro viejo. En el centro domina, de pie sobre un arco de luna, en una almendra de oro, rodeada por 12 querubines, una delicada Virgen que da el pecho al Niño Jesús. Los paneles laterales representan uno San Miguel Arcángel que derrota al demonio, el otro San Giovanni Vincenzo, que presenta a la Virgen al comitente de la obra Urbano de Miolans, abad comendatario de la Sacra desde el 1503 hasta el 1522. Es admirable el pequeño y encantador Niño y la posición de sus piececitos; el espléndido rostro de María inspira confianza, la mirada es modesta, la impresión general es de dulce melanconía, de inocencia y de pudor. En la base, una exquisita predela, sobre la que el autor representa la Visitación de María, El Nacimiento del Niño Jesús y la Adoración de los Magos.
GRAN FRESCO DE LA ASUNCIÓN (1505)
Es la obra a fresco más grande conservada en la Sacra. Fue realizada en 1505 en la parte izquierda de la iglesia, conforme se entra. Se trata de una obra de gran tamaño (6,50 x 4 metros) pintada en su mayor parte por Secondo del Bosco da Poirino, y en la que se observa también la mano de algún alumno suyo. El pintor supo dividir el espacio siguiendo un óptimo criterio distribuyendo en el mismo tres escenas: la Sepultura de Jesús, la Dormición de la Virgen María (representación bastante rara) y la Asunción. Una escena bellísima es la de Jesús mientras lo deponen en el Sepulcro, por el expresivo dolor de Su rostro, el movimiento de las personas hacia donde está Jesús y la sencilla frescura de colores.
FRESCO DE LA LEYENDA (finales del año 1600?)
Se encuentra en la pared derecha del coro viejo, está realizado con línea rojas y blancas sobre un fondo amarillento y resume la historia, mezclada con la leyenda, de la fundación del santuario.
En la parte superior derecha San Giovanni Vincenzo corta las vigas para construir una iglesia a San Miguel en el monte Caprasio, ángeles y palomas llevan las vigas desde el monte Caprasio a la cima del Pirchiriano; en la parte superior izquierda el monasterio de San Miguel ya construído, rodeado por tres llamas que simbolizan la aparición angelical; en el centro el obispo de Turín Amizone que sube desde avigliana y encuentra la iglesia ya consagrada por los ángeles; en la parte inferior izquierda el cortejo de Ugo de Montboissier que se dirige desde Susa hacia el Pirchiriano para fundar el monasterio.
DESCENDIMIENTO DE CRISTO DE LA CRUZ Y PREDICACIÓN DE LOS MUERTOS (1505-1510)
En la parte superior del pilar del Coro Viejo hay una pintura a fresco que representa la Deposición de Cristo: las figuras se inspiran en la de Jesús sepultado del gran fresco.
En la parte inferior se encuentra la escena curiosa de dos esqueletos mientras hablan a un grupo de fieles y leen dos pergaminos, uno en latín invitando a la piedad por los difuntos y otro en francés antiguo exhortando a los vivientes a rezar por los muertos y a recordar el común destino mortal.